A história de XIII-2 se passa anos após Lightning e seus parceiros terem salvo Cocoon. Os sobreviventes decidem reconstruir Gran Pulse. Entretanto, Lightning desaparece, sendo dada como morta. Sua irmã Serah é a única que acredita que Lightning ainda está viva em algum lugar deste mundo.
A cidade aonde Serah está morando é atacada por monstros por motivos ainda não revelados. Eis que Noel, um misterioso rapaz surge e a salva. Serah e Noel se unem para juntos encontrarem Lightning.
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